In den beiden Sonaten für Violine und Gitarre ist auch auf die Instrumentation, d.h. auf die Zuteilung des klanglichen Materiales an die beiden Instrumente hinzuweisen. Wie in der Biographie dargelegt, war Molitors Leibinstrument ursprünglich die Geige. Die Sonate op. 3 zeigt deutlich, daß er sich zur Zeit ihrer Abfassung noch in erster Linie als Geiger fühlte, wenn auch die Gitarre mit voller Absicht als Begleitinstrument an die Stelle des Klavieres gesetzt ist. Mit Ausnahme des langsamen Satzes ist die Violine durchwegs Trägerin der Melodie und die Gitarre besorgt einzig und allein die Begleitung oder nimmt bestenfalls ein kurzes Wechselspiel mit der Geige auf. Im ganzen Verlauf des ersten Satzes enthält bloß der Seitensatz in der Exposition einige selbständige Gitarretakte (26-27 und 38-39). In der Reprise sind auch die diesen Takten entsprechenden Stellen der Violine zugeteilt. Im Menuett und Trio wird die melodische Linie gleichfalls ganz von der Geige ausgefürt. Die relativ selbständigste Gitarrestelle ist ein Wechselspiel der obenerwähnten Art in den Takten 31-39. (Vorbereitung der Reprise des Menuetts.) Im Rondo steht es wie im ersten Satze; auf zweimal zwei Takte in der Überleitungsgruppe der Exposition (Takt 20-21 und 24-25) beschränkt sich die selbständige Tätigkeit der Gitarre. Der langsame Satz gewährt, wie schon angedeutet, dem Begleitinstrumente reichere Entfaltung. Der Vordersatz der Kopfmelodie erscheint überhaupt immer nur in der Gitarre (Takt 1-4, 13-14 und 42-43), ebenso eine Stelle in der Überleitung (Takt 17, 19, 49 und 51).

In der Sonate op. 5 ist schon ein Fortschritt im Sinne der Verselbständigung der Gitarre zu bemerken. Im ersten Allegro wird die zweite Phrase des Hauptsatzes (Takt 5-6), die ganze erste Gruppe des Seitensatzes (Takt 13-21) von der Gitarre vorgetragen, wozu die Violine begleitet. Im Adagio ist ähnlich wie in op. 3 die Hauptmelodie des ersten Teiles der Gitarre zugewiesen, rein solistisch im Anfange (Takt 1-4), von der Violine begleitet in der Reprise (Takt 30-33). Auch in der Coda (Takt 40ff.) betätigt sich die Gitarre ausgiebig. Am kleinsten ist ihre Rolle im abschließenden Menuett mit Trio; hier kommt es nie zu mehr als zu einem Wechselspiel zwischen beiden Instrumenten. Die Gitarre spielt somit in op. 3 und op. 5 ganz die Rolle des Klavieres in Mozarts Violinsonaten.

Nach dem unmittelbar folgenden Werke: Trio mit Violine und Bratsche op. 6, gab Molitor die Kombination mit Streichinstrumenten überhaupt auf. Er war endgültig zur Gitarre übergegangen und betätigte sich ausschließlich in Kompositionen für dieses Instrument.